Mới đây Cơ quan bảo vệ Môi trường Mỹ (EPA) đã kết luận rằng ấu trùng của sâu bướm fall armyworm (S. frugiperda) đã bộc lộ khả năng kháng lại chất độc Cry1f trong ngô Bt. Mức độ kháng sâu bệnh cao đến mức giống Herculex đã bị thu hồi khỏi thị trường và người trồng được khuyến cáo phun kết hợp các loại thuốc trừ sâu. Ngô Bt của Monsanto ở Nam Phi cũng bị sâu đục thân B. fusca kháng độc tố ở các vụ mùa năm 2005-06 và 2007-08. Sự tái nhiễm rộng rãi hơn của sâu ăn quả với bông Bt ở Đông Nam nước Mỹ trong khoảng 1992-2006 cũng đã được đăng ở ít nhất 5 tạp chí khoa học. Nghiên cứu của trường Đại học bang Iowa chỉ ra rằng sâu đục rễ ngô miền Tây vẫn sống sót sau khi ăn chất độc do cây ngô sản sinh ra.

Cây trồng biến đổi gen có thể ảnh hưởng bất lợi tới môi trường. Nghiên cứu của Viện Khoa học Nông nghiệp Trung Quốc cho thấy, cùng với việc gia tăng diện tích bông Bt thì các trang trại cũng trở thành nguồn nhiễm rệp, ban đầu chỉ là loài gây hại hy hữu và nhỏ, sau phát tán ra xung quanh thành dịch gây hại cho chà là, nho, táo, đào, lê. Trước khi có bông Bt các loại thuốc dùng để diệt sâu đục quả bông cũng kiểm soát được rệp. Giờ đây nông dân phải phun nhiều hơn để diệt rệp. Việc giảm sử dụng thuốc sâu trong bông Bt dẫn đến đảo ngược vai trò sinh thái của bông từ chỗ là bể hấp thụ rệp trong hệ thống thông thường trở thành nguồn dịch hại thực sự trong hệ thống canh tác bông Bt.

So sánh đất ở những cánh đồng trồng bông Bt với những cánh đồng kề bên trồng các cây không phải bông Bt, Navdanya phát hiện ra trong 3 năm bông Bt đã làm giảm 17% số lượng khuẩn tia (Actinomycet), loại khuẩn có ý nghĩa sống còn trong việc phân hủy cellulose và tạo ra mùn. Vi khuẩn giảm 14%; Vi khuẩn tổng số giảm 8,9%. Các enzyme hữu ích của đất làm cho cây có thể hấp thụ chất dinh dưỡng cũng giảm mạnh. Acid Phosphatase, chất góp phần hấp thu phosphate giảm 26,6%. Nitrogenase enzyme, chất giúp cố định đạm giảm 22,6%. Với tốc độ này thì 1 thập niên trồng cây biến đổi gen Bt có thể hủy hoại hoàn toàn kết cấu đất, làm cho nó không thể sản xuất ra lương thực.

Cây trồng biến đổi gen tiềm ẩn ảnh hưởng bất lợi tới sức khỏe con người và vật nuôi. Công nghệ gen vốn đã không an toàn. Dựa trên niềm tin rằng mỗi gen chỉ mang 1 tính trạng duy nhất, người ta cho rằng có thể truyền các tính trạng bằng cách truyền các gen đơn lẻ. Tuy nhiên, từ 2007 các nhà khoa học hàng đầu thế giới đã nhất trí rằng điều này hoàn toàn sai. Hiệu lực của mỗi gen được quyết định bởi sự tương tác với nhiều gen khác và với môi trường của chúng.

Công nghệ biến đổi gen thủ tiêu quá trình sinh sản tự nhiên, việc chọn tạo xuất hiện ở cấp độ tế bào đơn lẻ. Cơ chế này có tính đột biến cao và thường xuyên vượt khỏi giới hạn gen, tuy nhiên, không dễ gì đánh giá rủi ro của thực phẩm BĐG đối với sức khỏe con người. Rủi ro chỉ có thể nhận biết được trong dài hạn trong khi đó công nghệ mới chỉ được sử dụng trên 10 năm. Mặc dù vậy, nhiều nghiên cứu đã chứng minh thực phẩm BĐG có nguy cơ nghiêm trọng với sức khỏe về mặt độc tố, dị ứng, chức năng miễn dịch, sức khỏe sinh sản, chuyển hóa, v.v. Các bất ổn đáng kể về miễn dịch bao gồm bất ổn về sự phân bào liên quan đến bệnh hen, dị ứng và viêm nhiễm; sự thay đổi trong cấu trúc và chức năng gan, bao gồm sự chuyển hóa lipit và cacbonhydrat và thay đổi của tế bào dẫn tới đẩy nhanh quá trình lão hóa và tích tụ những loài phản ứng lại với oxy (ROS). Nghiên cứu của Pusztai, Ermakova, v.v đã chỉ ra mối liên hệ giữa thực phẩm biến đổi gen với khả năng vô sinh, sự còi cọc, tỷ lệ chết cao của con non; sự phát triển nhân tế bào biến thái và những biến dị tế bào khác; sự tổn hại trong đường ruột như tăng nhanh số lượng tế bào và phá vỡ hệ thống miễn dịch ruột; sự thay đổi của tuyến tụy, v.v.

Các nhà khoa học đã tìm thấy DNA của thực phẩm BĐG cho chuột có chửa ăn trong não của con chúng. DNA của thực phẩm BĐG cũng được tìm thấy trong máu, lá lách, gan và thận của lợn con được nuôi bằng ngô BĐG. Protein trừ sâu Cry1Ab cũng được phát hiện ở 94% mẫu máu của các bà mẹ, 80% mẫu máu của các bào thai và ở 69% mẫu máu kiểm tra của những phụ nữ không mang thai. Cry1Ab cũng được tìm thấy trong dạ dày-ruột của động vật ăn ngô BĐG. Điều này dấy lên quan ngại rằng độc tố có thể không được loại bỏ hoàn toàn ở người và sử dụng thịt nhiễm độc tố có thể tiềm ẩn rủi ro cao.

Cây BĐG là sản phẩm độc quyền của các công ty xuyên quốc gia. Hàng năm các sản phẩm này góp phần mang lại cho các công ty này hàng chục tỷ đô la doanh thu và hàng tỷ đô la lợi nhuận. Năm 2010 doanh thu bán hàng ròng của Monsanto là 10,5 tỷ USD, của Syngenta là 11,6 tỷ; lợi nhuận ròng của Monsanto là 1,1 tỷ, của Syngenta là 1,4 tỷ USD. Cây BĐG giúp cho các công ty này tối đa hóa lợi nhuận bằng cách làm cho nông dân ngày càng phụ thuộc vào họ. Khoản thu nhập hấp dẫn do cây trồng biến đổi gen mang lại khiến các công ty này không từ thủ đoạn để thuyết phục, gây sức ép, thậm chí mua chuộc các nước đưa chúng vào sản xuất đại trà.

Dưới sức ép và sự vận động hành lang của Monsanto chính phủ Mỹ đã quyết định cấm dán nhãn các sản phẩm “phi BĐG”. Việc cấm dán nhãn đồng nghĩa rằng người tiêu dùng không biết bao nhiêu trong số khẩu phần ăn của họ có chứa BĐG. Điều này cũng có nghĩa nhiều bác sỹ cũng không thể biết liệu có mối liên hệ nào đó giữa thực phẩm BĐG với bệnh tật ở người.

Trong khi những khoản lợi nhuận hấp dẫn làm mờ mắt các công ty, các nghiên cứu về an toàn của sản phẩm biến đổi gen vẫn còn hời hợt. Thay vì sử dụng vật nuôi còn non là những con nhạy cảm hơn, Các nhà nghiên cứu của Monsanto đã sử dụng những con trưởng thành, pha loãng đậu tương BĐG tới 12 lần, sử dụng quá nhiều protein, không bao giờ cân các bộ phận và bỏ qua những khác biệt về dinh dưỡng, ví dụ họ báo cáo chất gây dị ứng, chất ức chế trypsin tăng có 27% trong khi số liệu phát hiện ra tăng con số lên 3 hoặc 7 lần sau khi đậu tương được nấu.

Những nhà khoa học phát hiện ra bằng chứng buộc tội hay thậm chí thể hiện mối quan tâm về công nghệ thường bị sa thải, đe dọa, tước bỏ trách nhiệm hoặc khiển trách. Khi vấn đề xảy ra chúng không được tiếp tục nghiên cứu. Bất chấp thực tế hàng ngày có hàng triệu người ăn thực phẩm biến đổi gen, không có những phân tích thỏa đáng về sinh hóa, miễn dịch, bệnh lý mô, chức năng ruột, gan, thận, còn những nghiên cứu về thức ăn cho động vật thì quá ngắn để có thể phân tích thỏa đáng về ung thư, vấn đề sinh sản hay ảnh hưởng tới thế hệ sau.

Những người ủng hộ ngô biến đổi gen (BĐG) cho rằng nếu trồng ngô BĐG Việt Nam sẽ không phải nhập và sẽ tiết kiệm được khoảng nửa triệu USD mỗi năm. Tuy nhiên lý do này không thực tế. Hiện tại hàng năm Việt Nam trồng khoảng 1 triệu ha ngô, cho sản lượng khoảng 4,5 triệu tấn và lượng thiếu hụt phải nhập khoảng trên dưới 1 triệu tấn. Khả năng mở rộng thêm diện tích là rất ít vì ở những diện tích còn lại ngô khó cạnh tranh nổi với cây trồng khác. Để thay thế nhập khẩu, năng suất bình quân của ngô BĐG phải cao hơn ngô thường ít nhất 2 lần. Điều này khó xảy ra nếu không nói là không thể.

Khảo nghiệm trên diện rộng các giống ngô chuyển gen tại Hưng Yên, Sơn La, Vĩnh Phúc, Nghệ An, Đăk Lăk, Đồng Nai và Bà Rịa Vũng Tàu cho thấy, tại những điểm có áp lực sâu tự nhiên lớn như Vĩnh Phúc, giống ngô chuyển gen có năng suất cao hơn từ 17% – 35%. Tại những nơi áp lực sâu đục thân thấp, năng suất của ngô biến đổi gen không khác biệt, thậm chí sâu bệnh ở các ruộng ngô biến đổi gen còn có phần nhiều hơn. Các giống ngô lai truyền thống ở những vùng có điều kiện thâm canh tốt ở Sơn La cũng đã đạt năng suất từ 8 đến 10 tấn, thậm chí có nơi đạt 12 tấn/ha.