Yên Đệ đã lật đổ cháu trai Minh Huệ Đế trong một cuộc nội chiến đẫm máu, vốn bất lợi cho ông vào thời gian đầu, khi ba con trai của ông (Chu Cao Sí, Chu Cao Hú, Chu Cao Toại) còn ở Nam Kinh. Nhưng đến lúc Minh Huệ Đế thấy Chu Lệ sai sứ qua lại với thái độ mềm mỏng, cho rằng Chu Lệ thần phục nên thôi không giữ các con Chu Lệ nữa, thì tháng 7 âm lịch năm 1399, Yên Đệ khởi binh làm phản. Ban đầu, quân triều đình chiếm ưu thế nhưng do  Chu Nguyên Chương trước đó đã lạm sát công thần nên Minh Huệ Đế không còn tướng giỏi cầm quân. Yên Đệ lại là một danh tướng dày dạn chiến trận, vì vậy cán cân lực lượng sau đó ngả về phía Yên Đệ. Tháng 4 năm 1402, quân triều đình thua trận tại Hoài Bắc, quân của Yên Đệ Chu Lệ thừa thắng vượt qua sông Hoài Hà tiến về Trường Giang. Trong chiến sự, vai trò của Chu Cao Hú – một người con của Yên vương được Huệ Đế thả về – có đóng góp rất lớn. Yên Đệ Chu Lệ giành được ngai vàng vào cuối năm 1402.

Yên Đệ đã bắt đầu triều đại của mình bằng cách hợp pháp hóa việc lên ngôi xóa bỏ lịch sử toàn bộ thời gian trị vì của người cháu và thiêu hủy hay sửa đổi tất cả các tài liệu có liên quan đến tuổi thơ và cuộc nổi loạn của mình. Điều này dẫn đến việc thanh trừng vô số quan viên ở Nam Kinh và ban thẩm quyền đặc biệt ngoài vòng pháp luật cho chính sách bí mật của hoạn quan và nội chính. Ông nối tiếp chính sách tập trung của Chu Nguyên Chương, tăng cường thể chế của đế quốc và thành lập thủ đô mới tại Bắc Kinh. Ông cho cải cách khoa cử và  theo đuổi chính sách đối ngoại bành trướng với nhiều chiến dịch quy mô lớn chống lại quân Mông Cổ, đồng thời tăng cường sự ảnh hưởng và cường thịnh của nhà Minh đối với khu vực Đông Á và Đông Nam Á. Vĩnh Lạc Đế thành lập một hạm đội hùng hậu do Trịnh Hòa điều khiển. Trịnh Hòa (1371–1433) đã dẫn hạm đội xuống Bắc nước Úc, qua bán đảo Ả Rập và có tài liệu cho rằng Trịnh Hòa qua tận châu Mỹ. Hoàng đế còn cho sửa và mở lại Đại Vận Hà và vào khoảng năm 1407 đến năm 1420, trực tiếp chỉ đạo việc xây dựng Tử Cấm Thành. Dưới thời ông, các học giả đương thời đã hoàn thành công trình đồ sộ Vĩnh Lạc đại điển.

Yên Đệ xô lệch lịch sử bằng cách xóa bỏ hồ sơ thời cai trị của Minh Huệ Đế nhập vào thời kỳ Minh Thái Tổ. Tất cả các đại thần và gia đình họ cùng những kẻ thù  tiềm năng trên hai vạn người đều bị hành hình. Người anh trai cả đã mất của Chu Đệ là Chu Tiêu, vốn được Huệ Đế truy phong làm hoàng đế cũng bị ông giáng xuống làm Ý Văn Thái tử. Một quan viên trung thành của Huệ Đế là Phương Hiếu Nhụ, vốn được coi là bậc đại nho đương thời, không chịu quy hàng Chu Đệ khi Nam Kinh đã bị công phá, còn miệt thị ông là đồ phản tặc. Chu Đệ giận lắm, muốn giết ông nhưng đã bị một người thân tín là hòa thượng Đạo Diễn khuyên can: “Nay giết Nhụ thì tiệt hết cái nòi đọc sách trong thiên hạ, vậy còn ai dám ra sức vì bệ hạ?”. Chu Đệ nghe theo, sai người bắt Phương Hiếu Nhụ viết một đạo chiếu thư giả của Thái Tổ để hợp pháp hóa việc kế vị của mình vì Hiếu Nhụ là người đứng đầu bách quan, bù lại sẽ cho Hiếu Nhụ giữ lại chức quan cùng với tăng thêm bổng lộc, dù rằng chính Hiếu Nhụ là người ra các kế sách triệt phiên, dẫn đến cái chết của người em ruột của Thành Tổ. Phương Hiếu Nhụ nhận lấy giấy bút rồi viết lên bốn chữ to: “Yên tặc soán vị”. Chu Đệ xem xong hận ông lắm nhưng vẫn tiếc, cho đòi ông đến rồi hỏi: “Ngươi không sợ bị tru di chín họ sao?”. Phương Hiếu Nhụ đáp lại: “Tru di mười họ thì đã làm sao?”. Chu Đệ không nhịn nữa, sai người bắt hết thân tộc chín họ của Phương Hiếu Nhụ, lại bảo rằng: “Đã thế thì gom hết môn sinh, bạn bè, hàng xóm của nó lại cho đủ mười họ”, tổng cộng hơn nghìn người đều bị hành quyết. Đây là việc “Tru di thập tộc” nổi tiếng, trước chưa từng có, sau không xuất hiện, làm nổi bật sự tàn bạo của Chu Đệ.

Yên Đệ cướp nước Đại Việt, xóa sạch di sản, thực hiện sự đồng hóa triệt để, với các chính sách hết sức thâm độc và tàn bạo. Với chiêu bài giúp đỡ nước yếu, tăng cường sự ảnh hưởng của nhà Minh đối với khu vực Đông Á và Đông Nam Á, Yên Đệ đã gây chia rẽ Đại Việt với Chiêm Thành tạo cớ gây hấn liên tục từ phương Nam. Với âm mưu nham hiểm “phù Trần diệt Hồ”, năm 1406, Hoàng đế Vĩnh Lạc chính thức đáp lại các thỉnh cầu từ Trần Thiêm Bình – người xưng là dòng dõi nhà Trần đã bị nhà Hồ lật đổ năm 1400. Tuy nhiên khi trở về nước, Trần Thiêm Bình và tướng lĩnh, quân đội nhà Minh đi cùng đã bị quân nhà Hồ đánh bại và bủa vây. Tướng Hoàng Trung phải nhượng bộ xin giao nộp Trần Thiêm Bình cho nhà Hồ bắt giết để được mở đường rút quân về nước. Minh Thành Tổ đã đem hai đạo quân xâm lược Đại Ngu, đánh bại nhà Hồ năm 1407, sau đó thực hiện âm mưu đồng hóa nước Việt một cách lâu dài.

Yên Đệ Minh Thành Tổ đã cho người đốt hết những sách vở, phá hủy những bia đá có khắc văn tự của người Việt, bắt những thợ thủ công có tay nghề cao người Việt thiến đi rồi đưa về Trung Quốc để phục dịch, đàn áp thảm khốc, sưu cao thuế nặng, Nguyễn Trãi đã khẳng định những tội ác mất nhân tính này  trong “Bài cáo bình Ngô”:

“… Vừa rồi:
Nhân họ Hồ chính sự phiền hà,
Để trong nước lòng dân oán hận.
Quân cuồng Minh thừa cơ gây hoạ,
Bọn gian tà bán nước cầu vinh.
Nướng dân đen trên ngọn lửa hung tàn,
Vùi con đỏ xuống dưới hầm tai vạ.
Dối trời lừa dân đủ muôn ngàn kế,
Gây binh kết oán trải hai mươi năm.
Bại nhân nghĩa nát cả đất trời,
Nặng thuế khoá sạch không đầm núi.
Người bị ép xuống biển dòng lưng mò ngọc,
ngán thay cá mập thuồng luồng.
Kẻ bị đem vào núi đãi cát tìm vàng,
khốn nỗi rừng sâu, nước độc.
Vét sản vật, bắt chim trả, chốn chốn lưới chăng,
Nhiễu nhân dân, bẫy hươu đen, nơi nơi cạm đặt.
Tàn hại cả giống côn trùng cây cỏ,
Nheo nhóc thay kẻ goá bụa khốn cùng.
Thằng há miệng, đứa nhe răng,
máu mỡ bấy no nê chưa chán ;
Nay xây nhà, mai đắp đất,
chân tay nào phục dịch cho vừa.
Nặng nề những núi phu phen,
Tan tác cả nghề canh cửi.
Độc ác thay,
trúc Nam Sơn không ghi hết tội,
Dơ bẩn thay,
nước Đông Hải không rửa sạch mùi.
Lẽ nào trời đất dung tha,
Ai bảo thần nhân chịu được?

Nhiều cuộc khởi nghĩa chống lại các bộ máy xâm lược nhà Minh. Minh Thành Tổ đã điều các tướng Mộc Thạnh, Trương Phụ sang dẹp các cuộc khởi nghĩa này do Trần Ngỗi và Trần Quý Khoáng lãnh đạo.  Sau khi họ Trần thất bại, vào đầu năm 1418 một cuộc nổi dậy lớn do Lê Lợi khởi xướng. Năm 1424 nghĩa quân Lam Sơn đã chiếm lại gần như toàn bộ vương quốc đúng lúc Yên Đệ chết. Năm 1427, Minh Tuyên Tông đã chính thức thừa nhận nền độc lập của Việt Nam với điều kiện Đại Việt chấp nhận làm chư hầu và phải cống nạp người vàng tượng trưng cho Liễu Thăng bị giết ở ải Chi Lăng mỗi lần đi sứ.

Bên lề chính sử chép lại một số trích đoạn trong Chương 1, trang 15 – 25,  tác phẩm “Nguyễn Du”, tiểu thuyết lịch sử của nhà văn, nhà giáo Nguyễn Thế Quang. Sự tra cứu và đối chiếu các sự kiện, tư liệu là hoàn toàn khớp đúng với chính sử, đồng thời cũng thể hiện phù hợp với tính cách và số phận của các nhân vật lịch sử.