Trấn phản Việt Quốc Việt Cách cũng là vấn đề lớn của Việt Minh và Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa trong thời kỳ đầu của cách mạng. Trong khi lãnh đạo các phe phái Việt Minh, Việt Quốc, Việt Cách tranh cãi về các định nghĩa pháp lý, về việc bổ nhiệm các bộ trưởng và việc đưa ra các tuyên bố chung để đi đến thành lập Chính phủ liên hiệp thì các chủ bút, cán bộ chính trị, lực lượng vũ trang của các bên vẫn đấu tranh với nhau gay gắt. Trên báo Cứu Quốc, 7 Tháng Chín 1945 Việt Minh tố cáo Việt Cách “Hội ấy cũng nêu lên cái khẩu hiệu đánh đuổi Pháp – Nhật. Nhưng họ đã tranh đấu những gì? Trong cuộc võ trang khởi nghĩa đánh vào hai kẻ thù, giữa lúc chủ quyền của chúng còn bền vững cũng như khi đã tan rã, người ta chỉ thấy có đoàn thể Việt Minh… Suốt trong thời kỳ ấy, không ai nghe nói đến hành động của Việt Nam cách mạng đồng minh hội. Vừa đây, trước cuộc tổng khởi nghĩa của Việt Minh ít ngày, hội ấy mới mộ một bọn thổ phỉ kéo vào Móng Cái để đánh Pháp Nhật (ở đó Pháp không còn một người và Nhật đã rút lui)”.^[214] Bộ Tuyên truyền của Chính phủ Cách mạng lâm thời Việt Nam Dân chủ Cộng hòa gửi đến ban biên tập các tờ báo một bức thư hư cấu chỉ trích Nguyễn Hải Thần không cử người tham gia đoàn quân Nam tiến chi viện cho miền Nam đồng thời buộc tội ông thỏa thuận với quân Pháp. Báo chí thường xuyên cáo buộc Việt Cách và Việt Quốc tống tiền dân chúng. Công an Việt Nam Dân chủ Cộng hòa thường xuyên bắt giữ các thành viên Việt Cách vì tội tống tiền, đặc biệt là đối với Hoa kiều. Các thành viên Việt Minh và Việt Cách xé áp phích của nhau, đe dọa tính mạng và phá các cuộc họp của đối thủ. Việt Minh khuyến khích Bồ Xuân Luật rời bỏ Việt Cách lập ra tờ báo Đồng Minh xuất bản cho đến tháng 11 năm 1946. Mười ngày sau đó, tại Hà Nội, Bồ Xuân Luật bị phục kích nhưng may mắn thoát chết.^[170]. Các lãnh đạo Việt Cách không gặp khó khăn gì trong việc kiểm soát các thị xã từ biên giới Trung Quốc đến đồng bằng sông Hồng cho đến khi quân đội Trung Quốc rút về nước vào tháng 4/1946. Các viên chức nhà nước tại những nơi đó phải đối mặt với việc trung thành với Việt Cách, trung lập hay di tản khỏi thị xã. Việt Cách đôi khi phải xin phép chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa để thực hiện một số hoạt động của họ.^[169] . Bị Việt Quốc làm lu mờ và ngày càng mất đoàn kết, tháng 3/1946, Việt Cách bị chia rẽ. Một số thành viên tập trung bảo vệ các thị xã phía Bắc Hà Nội, những người khác gia nhập Việt Quốc, số còn lại lệ thuộc Việt Minh. Việt Cách có thể đã tổ chức một số cuộc tấn công vào lính Pháp tại Hải Phòng vào tháng 4/1946. Cuối tháng 4/1946, Pháp khai quật được 12 thi hài tại tầng hầm trụ sở cũ của Việt Cách tại Hà Nội trong đó có 2 công dân Pháp mất tích ngày 24/12/1945. Cuối tháng 5/1946, thành viên Việt Cách Hồ Đắc Thành tham gia Mặt trận Liên Việt. Các thành viên Việt Cách ở Quảng Yên và Móng Cái đã rút qua Trung Quốc vào giữa tháng 6/1946. Cuối tháng 10/1946, báo Đồng Minh của Bồ Xuân Luật đưa tin về cuộc họp của một số chi bộ còn lại của Việt Cách và việc một số thành viên Việt Cách tham gia kỳ họp thứ hai của quốc hội. Công an thu được một số tài liệu của Việt Cách và triệu tập các thành viên Việt Cách tới thẩm vấn. Từ đó trở đi một vài thành viên Việt Cách hợp tác với Việt Minh để xây dựng một hình ảnh mặt trận quốc gia liên hiệp giữa các đảng phái trong khi đó các thành viên khác bị tống giam hoặc phải lưu vong.^[215]