Sáng sớm ngày 12/7/1946, một tiểu đội công an do Lê Hữu Qua chỉ huy^[222] bao vây khám xét trụ sở của đảng Đại Việt tại số 132 Duvigneau, do nghi ngờ Đại Việt cấu kết với Pháp âm mưu tiến hành đảo chính lật đổ chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa đúng vào ngày quốc khánh Pháp 14/7/1946 khiến lính canh và các đảng viên Đại Việt không kịp phản ứng.^[223] Khi thực hiện cuộc bao vây khám xét này, lực lượng công an chưa có chứng cứ cụ thể và chưa có lệnh của cấp trên nhưng vẫn tiến hành để các thành viên Đại Việt không có thời gian rút vào bí mật và tẩu tán truyền đơn, hiệu triệu lật đổ chính quyền. Tại trụ sở của Đại Việt, lực lượng công an đã tìm thấy nhiều truyền đơn, hiệu triệu chưa kịp tẩu tán cùng nhiều súng ống, lựu đạn.^[222] Công an cũng được cho là đã phát hiện một bản kế hoạch có chữ ký của Trương Tử Anh, theo đó Đại Việt sẽ quăng lựu đạn vào lính Pháp gốc Phi trong ngày diễu binh của quân đội Pháp, tiếp đó quân đội Đại Việt hoặc quân đội Pháp sẽ bắt giữ những lãnh đạo Đảng Cộng sản Đông Dương và Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, cuối cùng Trương Tử Anh sẽ công bố thành lập chính phủ mới^[220]. Lê Giản, Giám đốc Nha Công an Bắc bộ, đưa tài liệu này cho Quyền chủ tịch nước Huỳnh Thúc Kháng. Ông này đọc rồi nói “Tiêu diệt chúng! Quét sạch toàn bộ! Lũ phản bội! Đồ chó má!“. Tuy nhiên, tài liệu này là một bản dự thảo do Trương Tử Anh viết tay chỉ để sử dụng trong nội bộ Đại Việt Quốc dân Đảng. Lê Giản không cung cấp được bằng chứng về sự thông đồng của Pháp với Đại Việt Quốc dân Đảng trong kế hoạch đảo chính ngày 14/7/1946 ngoài việc Sainteny tiếp tục muốn tổ chức diễu binh vào ngày đó. Lê Giản tìm Võ Nguyên Giáp và được Giáp chỉ thị tấn công tất cả các văn phòng của Việt Quốc ở Hà Nội và các tỉnh.^[220]

Sau đó, lúc 7h sáng ngày 12/7/1946, Việt Nam Công an vụ ^[221] thực hiện phá vụ án phố Ôn Như Hầu. Chỉ đạo trực tiếp lực lượng công an phá vụ án này là các ông Lê Giản (Giám đốc Nha Công an Bắc bộ), Nguyễn Tuấn Thức (Giám đốc Công an Hà Nội) và Nguyễn Tạo (Trưởng nha Điệp báo Công an Trung ương).^[223] Lực lượng công an xung phong đã thực hiện khám xét các trụ sở Việt Nam Quốc dân Đảng (7 căn nhà) tại Hà Nội, bắt tại chỗ nhiều thành viên của Việt Nam Quốc dân Đảng cùng nhiều tang vật như truyền đơn, vũ khí, dụng cụ tra tấn, đồng thời phát hiện nhiều xác chết tại đó… Hơn 100 người bị bắt và một số người biến mất không dấu vết. Trong số các thành viên của Quốc dân Đảng bị bắt có một đại biểu Quốc hội Việt Nam khóa I là Phan Kích Nam. Theo điều tra của Nha công an, Việt Nam Quốc dân Đảng đang chuẩn bị những hành động khiêu khích rất nghiêm trọng. Dự định các thành viên của Việt Nam Quốc dân Đảng sẽ phục sẵn dọc đường quân Pháp diễu qua nhân ngày quốc khánh Pháp, bắn súng, ném lựu đạn để tạo ra những chuyện rắc rối giữa Pháp và Chính phủ, gây sự phá hoại hòa bình rồi tung truyền đơn hô hào lật đổ chính quyền và sau đó đứng ra bắt tay với Pháp.^[176][220]

Nhà nước sau đó thông báo sự việc với báo chí. Các cuộc tấn công được gọi tắt là “Vụ án phố Ôn Như Hầu”. Các báo của Việt Minh và các đảng phái thân Việt Minh đều tường thuật vụ án này. Các báo đưa tin công an đã phá tan âm mưu chống chính phủ, đã bắt những kẻ tiến hành những vụ bắt cóc tống tiền, ám sát, bán nước, in truyền đơn chống chính phủ, làm bạc giả… Tuy nhiên Việt Quốc đã không bị kể tên trong một số bài báo.^[220]

Theo David G. Marr, nếu thật sự Pháp muốn đảo chính (họ đã cân nhắc và hoãn nhiều lần) thì không cần phải dựa vào Trương Tử Anh khơi ngòi, càng không cho Anh thành lập chính phủ. Công an cố tình lập lờ giữa Đại Việt Quốc Dân Đảng do Trương Tử Anh lãnh đạo và Việt Nam Quốc dân Đảng do Nguyễn Tưởng Tam và Vũ Hồng Khanh lãnh đạo khi nhắm vào tòa soạn Báo Việt Nam và các trụ sở khác của Việt Nam Quốc dân Đảng. Sau cuộc tấn công, có người trong chính quyền đã cố gắng hạn chế những lời lên án công khai Việt Quốc để tuyên truyền về Mặt trận Thống nhất. Việt Quốc trên danh nghĩa vẫn nằm trong mặt trận. Ngoại trừ một vài đảng viên Việt Quốc hợp tác với Việt Minh, mọi công dân Việt Nam Dân chủ Cộng hòa từ đó trở đi đều sợ hãi khi bị cho là đảng viên Việt Quốc. Việt Quốc đồng nghĩa với tội phản quốc.^[220]

Ngày 20/7/1946, Ủy ban Hành chính Bắc Bộ dù không nhắc đến Việt Quốc đã thông báo đến các tỉnh rằng gần đây công an đã phát hiện được việc tống tiền, bắt cóc và làm tiền giả. Tất cả đều phải bị điều tra và truy tố. Ủy ban hướng dẫn các địa phương không để việc bắt bớ và giam giữ các phần tử phản động biến thành khủng bố. Các Ủy ban Hành chính địa phương giờ đã được chấp thuận cho việc bắt giữ các đảng viên Việt Quốc đã bị phát hiện hay còn tình nghi, tuy nhiên họ không săn lùng và hành quyết ngay lập tức. Trong những tháng sau đó, hàng ngàn người bị bắt, bị thẩm vấn. Hàng trăm người bị tống giam, bị đưa đến các trại cải tạo; hàng trăm người khác bị cách chức. Cán bộ phòng chính trị thuộc Sở Công an các tỉnh bắt những kẻ tình nghi, thẩm vấn, bắt ký vào lời khai, sau đó báo cáo lên chính quyền tỉnh là thả, xét xử hay biệt giam những người này.^[220] Từ cuối tháng 7/1946 cho đến cuối năm 1946, phần lớn những người bị công an giam giữ vì lý do chính trị đều bị xem là Việt Quốc. Công an tiếp tục thẩm vấn các đảng viên Việt Quốc về vụ bắt cóc một số đảng viên Đảng Cộng sản Đông Dương xảy ra vào cuối năm 1945.^[224]

Cuối tháng 7/1946, Báo Việt Nam bị đình bản nhưng Tuần báo Chính Nghĩa vẫn tiếp tục xuất bản suốt 3 tháng sau. Báo chính Nghĩa đăng một loạt bài xã luận lên án chủ nghĩa cộng sản và chủ nghĩa đế quốc Xô Viết đồng thời chỉ trích hệ thống Ủy ban Hành chính của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa và việc chính phủ không thể thành lập hệ thống tư pháp độc lập, chính sách ngoại giao của Hồ Chí Minh cũng bị hoài nghi. Cuối tháng 10/1946, các bài xã luận và tin tức trong nước bị loại bỏ. Tới đầu tháng 12, Tuần báo Chính Nghĩa hoàn toàn bị vô hiệu hóa, không còn một tin tức hay bài viết nào đáng phải kiểm duyệt nữa.^[225]

Từ tháng 7/1946 đến tháng 11/1946, nhiều đại biểu quốc hội là đảng viên Việt Quốc bị bắt. Đại biểu Phan Kích Nam, đảng viên Việt Quốc, bị bắt trong vụ án phố Ôn Như Hầu, bị buộc tội bắt cóc, tống tiền và bị tống giam ngay lập tức. Đại biểu Nguyễn Đổng Lâm bị công an Hải Dương bắt và bị kiến nghị gửi đến trại biệt giam trong 2 năm với lý do “chính quyền địa phương sẽ gặp nhiều khó khăn nếu ông Lâm còn tự do ngoài vòng pháp luật”. Trường hợp của Lâm được báo cáo lên Chủ tịch Ủy ban Thường vụ Quốc hội Nguyễn Văn Tố. Tố cùng Ủy ban Thường vụ Quốc hội ra lệnh thả Lâm. Ngày 21/8/1946, Nguyễn Đổng Lâm được thả. Tại các địa phương khác, các đại biểu quốc hội là đảng viên Việt Quốc cũng bị sách nhiễu hoặc bắt giữ. Đại biểu Trình Như Tấu gửi kháng nghị đến 5 cơ quan chính phủ khác nhau sau khi ông bị dân quân bao vây nhà riêng để yêu cầu bồi thường một máy đánh chữ không có thật và đe dọa dùng vũ lực nếu ông không tuân thủ. Trình Như Tấu yêu cầu được bảo vệ với tư cách nghị sĩ nhưng không được hồi đáp. Tại kỳ họp lần thứ 2 của Quốc hội vào cuối tháng 10/1946, chưa tới 12 người trong số 50 đại biểu Quốc hội thuộc Quốc dân Đảng tham dự.^[226]

Sau khi rút lui về Yên Bái, Vũ Hồng Khanh nhận ra rằng nguồn cung cấp lương thực tại địa phương chỉ đủ nuôi sống lực lượng quân đội Việt Quốc chứ không đủ cung cấp cho những người ủng hộ Việt Quốc từ đồng bằng sông Hồng đến. Việc tiếp tế từ Lào Cai gặp nhiều khó khăn vì Việt Minh đã phá hủy đường sắt. Tới tháng 11, Lào Cai bị Vệ Quốc quân bao vây và lương thực sắp hết. Vũ Hồng Khanh quyết định sơ tán sang Vân Nam và ra lệnh hành quyết 2 giảng viên học viện quân sự vì cố gắng dẫn học viên của họ quay trở lại đồng bằng. Tháng 10/1947, khi Pháp nhảy dù xuống Phú Thọ, công an Việt Nam Dân chủ Cộng hòa bị cáo buộc xử bắn hơn 100 tù nhân Việt Quốc trước nguy cơ họ có thể trốn thoát hoặc lọt vào tay người Pháp.^[224]