Ngay sau khi Việt Minh giành chính quyền ngày 19/8/1945, Lê Khang dẫn đầu một nhóm Việt Quốc rời Hà Nội đến Vĩnh Yên nằm trên tuyến đường sắt Lào Cai – Hà Nội. Tại đây họ tổ chức một cuộc biểu tình của dân chúng để thuyết phục lực lượng Bảo an binh địa phương tham gia. Ngày 29/8/1945, hàng ngàn người ủng hộ Việt Minh thuộc 3 huyện lân cận tiếp cận căn cứ của Việt Quốc tại Vĩnh Yên kêu gọi Việt Quốc tham gia một cuộc diễu hành xuyên qua thị trấn. Khi bị từ chối, họ bắn thành viên Việt Quốc. Việt Quốc bắn trả khiến một số người chết đồng thời bắt giữ khoảng 150 người. Những người bị bắt được thả sau khi đã được tuyên truyền về Việt Quốc và thừa nhận mình bị lừa khi tham gia biểu tình. Sau đó, Việt Minh và Việt Quốc tiếp tục thảo luận về việc phóng thích những người còn bị Việt Quốc giam giữ, về việc tổ chức đàm phán và những đề xuất liên quan đến việc thành lập chính quyền liên hiệp ở địa phương. Trong khi hai bên thảo luận, Việt Minh cắt đứt nguồn cung cấp lương thực cho thị xã Vĩnh Yên khiến cuộc sống ngày càng khó khăn.[216] . Ngày 18/9/1945, Hoàng Văn Đức, một thành viên quan trọng của Đảng Dân chủ Việt Nam cùng đại diện chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa từ Hà Nội đến Vĩnh Yên thương lượng. Cuộc thương lượng không thành công, Lê Khang tấn công Phúc Yên nhưng thất bại. Các đơn vị quân đội Việt Nam Dân chủ Cộng hòa tấn công Vĩnh Yên nhưng không giành được thị xã này. Sau đó hai bên ngừng bắn trong vài tháng. Việt Quốc không tranh giành ảnh hưởng với Việt Minh ở vùng nông thôn ngoài việc chiếm giữ nông trại Tam Lộng tại Vĩnh Yên. Đầu tháng 12/1945, Việt Minh tấn công Tam Lộng nhưng bị đẩy lùi.[217]. Tháng 9/1945, Việt Quốc thỏa thuận bí mật với đại úy Nguyễn Duy Viên theo đó đại đội lính khố đỏ của ông sẽ theo Việt Quốc. Tuy nhiên Việt Quốc nghi ngờ đại úy Viên là điệp viên hai mang của Pháp và sẽ điều động đơn vị của mình thủ tiêu đảng viên Việt Quốc ngay sau khi vượt biên giới về Việt Nam. Đầu tháng 11, Viên đến Hà Giang gặp các thành viên Việt Quốc tại đây. Những binh sĩ đào ngũ từ các đơn vị lính thuộc địa cũng đổ về Hà Giang giúp Viên có được một đội quân khoảng 400 người. Việt Quốc và Việt Minh tại Hà Giang mâu thuẫn nhau khiến Viên đến Hà Nội yêu cầu chính phủ cử đại diện đến thuyết phục mọi người cùng chống Pháp. Sau khi gặp Hồ Chí Minh, Viên trở về Hà Giang, cho quân bắt giữ các đảng viên Việt Quốc tại đây và xử bắn một số người trên một ngọn đồi gần thị xã. Tháng 4/1946, Việt Quốc cho người ám sát ông tại Hà Nội.[118] . Báo Sự thật của Hội nghiên cứu chủ nghĩa Các Mác ở Đông Dương, ngày 5 tháng 12 năm 1945 đăng tải bức thư ngỏ của Hội gửi các anh em trong Việt Nam quốc dân đảng: “…Chúng tôi không bảo những người theo Đại Việt quốc xã, Cao đài, Phật thầy là Việt gian cả. Trong số những người ấy có nhiều phần tử trung thực chỉ vì thiếu sự nhận xét sáng suốt về chính trị, nên đã nhầm theo bọn lãnh tụ Việt gian. Nhưng còn những phần tử 100 phần 100 phản quốc, lẩn sau những chiêu bài Việt Nam Cách mạng đồng minh hội và Việt Nam Quốc dân đảng để tránh sự trừng phạt của quốc dân và Chính phủ. Các anh dung túng họ và hơn nữa nhận họ trong hàng ngũ; thế là các anh tự chia rẽ với dân, chứ không phải ai chia rẽ với các anh đâu…Không kể chi những chuyện xa xôi, hãy nói những cuộc khởi nghĩa hay đấu tranh cách mạng từ chiến tranh đến giờ: Bắc Sơn, Nam Kỳ, Đô Lương, kháng Nhật cứu nước, mồng 9 tháng ba, khởi nghĩa 19 Tháng Tám. Trong những giờ phút thiêng liêng ấy, các anh ở đâu?… Chúng tôi xin đề ra ba nguyên tắc hợp tác giữa các đảng phái yêu nước như dưới đây:1. Đoàn kết hợp tác giữa tất cả các đoàn thể chân chính yêu nước, nhưng không đoàn kết vô nguyên tắc với bọn phản quốc. 2. Sự đoàn kết thành thực giữa các đảng phái cách mạng chỉ có thể đặt lên trên nền tảng hành động chung. 3. Cấm chỉ mọi hành động có hại cho nước, có lợi cho địch, nhất là việc gièm pha cuộc kháng chiến và mạt sát Chính phủ kháng chiến.”[218]. Tháng 5/1946, Trần Đăng Ninh, phụ trách an ninh của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, đến Vĩnh Yên với lý do thảo luận về công tác sửa chữa đê điều và bị Vũ Hồng Khanh bắt. Ninh và 2 người khác trốn thoát. Việc bắt giữ này trở thành lý do để đàn áp Việt Quốc. Vệ quốc quân bắt đầu tuần tra quanh nơi hoạt động của Việt Quốc. Ngày 20/5/1946, trong một cuộc đụng độ gần Phú Thọ, Việt Quốc bắt giữ và hành quyết một nhóm người ủng hộ Việt Minh, thả vài xác chết xuống sông Hồng để cảnh cáo.[219] . Giữa tháng 5/1946, Bộ Nội vụ ra lệnh cho tất cả các cán bộ công chức đang làm việc tại 7 thị xã ở các tỉnh phía Tây và Tây Bắc Hà Nội sơ tán và tham gia vào các Ủy ban thay thế được thành lập ở các địa điểm mới. Những người không thực hiện lệnh này không còn là người của chính phủ.[219]
Tháng 6/1946, khi quân đội Trung Quốc rút về Vân Nam, dân quân của Việt Minh cô lập các thị xã do Việt Quốc kiểm soát. Ngày 18/6/1946, Vệ quốc quân tấn công Phú Thọ và Việt Trì. Quốc dân quân của Việt Quốc ở Phú Thọ hết đạn sau 4 ngày và phải rút lui. Vũ Hồng Khanh chỉ huy 350 lính phòng thủ Việt Trì trong 9 ngày rồi rút lui về Yên Bái. Việt Quốc ở Vĩnh Yên do Đỗ Đình Đạo chỉ huy đàm phán với Việt Minh và đạt được thỏa thuận ngừng bắn trong 2 tháng. Đỗ Đình Đạo đồng ý sáp nhập lực lượng của ông vào Vệ quốc quân và thành lập Ủy ban Hành chính liên hiệp tại Vĩnh Yên. Lực lượng này được chia nhỏ đưa về các tiểu đoàn Vệ quốc quân tại nhiều nơi. Đỗ Đình Đạo được thuyên chuyển về Hà Nội. Trong suốt tháng 5 và tháng 6/1946, Báo Việt Nam của Việt Quốc tại Hà Nội khẩn thiết kêu gọi Việt Minh ngừng tấn công Việt Quốc.[219]
Cuối tháng 6 tại Hà Nội, các thành viên Việt Quốc họp để thảo luận về việc có nên thừa nhận sự lãnh đạo của Việt Minh, rút lui về biên giới hay tổ chức đảo chính lật đổ chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Trong khi đó, Trương Tử Anh, đảng trưởng Đại Việt Quốc dân Đảng là đồng minh của Việt Quốc, đang lên kế hoạch cho một cuộc đảo chính có thể bắt đầu bằng việc tấn công lính Pháp để gây rối loạn. Người Pháp lại có ý định diễu binh quanh hồ Hoàn Kiếm để kỷ niệm Quốc khánh Pháp (14/7/1789) khiến lực lượng an ninh Việt Nam Dân chủ Cộng hòa lo ngại sự kiện này có thể trở thành mục tiêu của các đảng phái đối lập với Việt Minh. Võ Nguyên Giáp hỏi ý kiến của chỉ huy quân Pháp tại Bắc Kỳ, đại tá Jean Crépin về thái độ của Pháp nếu Việt Nam Dân chủ Cộng hòa tăng cường trấn áp Việt Quốc và Việt Cách thì được ông này trả lời Pháp sẽ không can thiệp vào công việc nội bộ của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa.[220]Trường Chinh (Tổng Bí thư Đảng Cộng sản Đông Dương, khi đó rút vào hoạt động bí mật, chức danh công khai là Hội trưởng Hội nghiên cứu Chủ nghĩa Mác ở Đông Dương) được Nha Công an Trung ương báo cáo phát hiện được âm mưu của thực dân Pháp câu kết với Việt Nam Quốc dân Đảng đang chuẩn bị đảo chính Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, chỉ đạo phải tập trung trấn áp Việt Nam Quốc dân Đảng, nhưng phải có đủ chứng cứ[221].